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我校3D基因组研究取得新进展

时间:2020-01-28

(Text | Information College通讯员Cynthia)最近,我校的3D基因组研究团队在分析染色质的三维空间结构及其生物学功能方面取得了进展。他还在7月6日在线发表了一篇题为《核酸研究》(哺乳动物基因组拓扑相关结构域的结构异质性和功能多样性)的学术论文。本文的通讯作者是信息学院生物信息系副教授彭成,第一作者是王小涛博士的研究生。

研究表明染色质拓扑相关结构域是染色质高阶三维空间结构的基础,影响甚至调节基因表达、脱氧核糖核酸复制和染色体易位等基本生物过程。美国国家健康研究(NIH)启动了4D核小体计划,分析染色质三维结构在细胞发育和分化中的作用。早期的研究主要集中在基因组位置拓扑相关结构域的稳定性和保守性,而较少关注其内部组织结构。该团队在2013年《哺乳动物基因组中拓扑相关结构域的结构异质性和功能多样性》上提出了染色质三维空间结构重建模型Auto Chrom 3D(核酸研究,2013,41 (19),E198),发现染色质高阶结构有一定的规律。基于前期工作的发现,该团队充分利用公共数据库的最新数据,进一步分析染色质拓扑结构结构域的内部结构特征,并定义了一个量化参数来衡量其内部结构特征,揭示染色质拓扑相关结构域在不同类型的细胞中可以经历显着的结构变化,从而改变结构域内基因的调控和表达模式。本文还提供了计算定量参数的自由软件(TADLib),为其他人的研究提供了帮助。

论文链接:

. Oxford journals.org/content/early/2015/07/06/nar.gkv684.full

生物信息学工具链接:

reviewer:陈治国

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